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ueber die genauen vor- und nachteile bin ich mir nicht so sicher, aber prinzipiell is das so:

interner mysql-server:
wenn akonadi gestartet wird, startet er einen mysql-server mit basis-verzeichnis ~/.local/share/akonadi und legt dadrin die datenbank an bzw nutzt die.
zugriff erfolgt nur ueber eine socket-datei, also ohne zusaetzliches passwort --> wer auf die socket-datei zugriff hat, kann auch in der datenbank rumfuhrwerken, wie er will. aber die daten liegen immer noch in ~, also ist da schon mal ne huerde zu ueberwinden. aber: backups davon muessen natuerlich separat organisiert werden.

externer mysql-server:
wie der name schon sagt, n externer mysql-server, der prinzipiell irgendwo laufen kann. zugriff per password gesichert, den account und die rechte auf die akonadi-db muss man aber (wahrscheinlich, hab's noch nicht selbst ausprobiert) vorher selber anlegen.
wer natuerlich den root-account des mysql-servers kennt, den braucht ein passwort fuer den akonadi-nutzer nicht zu stoeren...
wenn man eh einen lokalen mysql-server laufen hat, kann man hier ein paa mb ram sparen und die akonadi-datenbank im allgemeinen mysql-backup-script (hat man ja, oder etwa nicht? ;) ) sichern.

pgsql:
dasselbe wie mysql, nur halt mit einer postgresql-datenbank...und nur in der externen variante verfuegbar