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Ob man immer alle use-Flags gesetzt hat glaub ich kaum.
Auch nicht das man das immer schafft, wie auch, die Zeiten ändern sich und mit ihnen man sich selber.

Bei mir zb. ist es so manchmal füge ich welche hinzu manchmal streiche ich wieder welche.
Ok ein paar sind über die Jahre hinweg immer gleich geblieben aber das sind sicher bei jeden andere Use-Flags.

Es kommt auch etwas drauf an was du machst, Server - Desktop - usw. und welchen DE du verwendest KDE ? Gnome ? ....
Ich bin gerade dabei etwas weniger xfce4 zu verwenden dafür mehr i3wm ...
Jedenfalls das schöne ist man kann eben Use-Flags ändern was ja eine große stärke ist von Gentoo
Ich behaupte mal am Anfang wird dir das noch öfter passieren das man die Use-Flags ändert, mit der Zeit wird es aber auch weniger werden.

Ein Problem oder Fehler finde ich das nicht, und eingrenzen kann man das nur wenn man sich hinsetzt und zb. auf altmodische weise mal alles aufschreibt was man so machen will mit dem System.
Will man einen reinen
Desktop Betrieb mit nur Office Anwendungen ?
Desktop Betrieb mit Office und Musik ?
Reiner Server ohne Gui ?
Reiner Server mit Gui ?

Anhand der Software dann sieht man ja welche Use-Flags man so braucht.

Mit den Befehl equery hast du ja eh schon Bekanntschaft geschlossen
Man kann auch für einzelne Programme auch Use-Flags freischalten in der package.use zb.
dort kann man zb.
media-video/vlc v4l dvb gnome
vlc mit v4l dvb gnome zusätzlich noch übersetzen ohne das ganze System mit diesen Use_Flags mit zu nehmen.

mfg
schatti

Ich glaube solche USE-flag Problem kommen wirklich selten vor, bei den meisten muss ich auch gar nicht nachschauen,
da ich eigentlich die, welche ich verwende mit der Zeit auswendig gelernt habe und die häfte auch selbsterklären ist, wie "btrfs ext..."

zum Glück muss man nicht alle USE-fags global haben. Ich habe da immer nur so das Profil drin, wie kde/gnome wenn ich eines von denen benutze (im Moment i3wm )
z.B. bei gpartet habe ich fast alle USE-flags lokal gesetzt, welche man setzten kann.

Das System wird ja nicht instabil, wenn du useflags mischt. Es ist ja dem System wumpe, mit welchen flags du dein Browser baust. Klar sind auch die System Pakete mit Useflags ausgestattet, aber die fangen dann ja an zu meckern, wenn du zum Beispiel ein Worldupdate pretendest..
package xyz has a use conflict !qt5 blah blah..
dann muß man etwas puzzln und testen, daß die Abhängigkeiten wieder passen, aber das hat fast immer reibunxlos geklappt

wurde schon erwähnt, aber
equery u paketname
ist wohl das sinnvollste, so mach ich es im voraus ..