Hmmm, ich bin zwar nicht voll in der Materie drinnen, aber ich denke diese Frage hat nur indirekt etwas mit Gentoo selbst zu tun.
Die Frage, ob dein neues Mainboard unterstützt wird, sehe ich in erster Linie an den Kernel und dessen Treiber gerichtet. Da du ja in Gentoo deinen Kernel i.d.R. selber backst, ist es ergo die Frage, ab welcher Version der Linux-Kernel das Mainboard unterstützt, nicht?
Du hast in Gentoo außerdem die Auswahl zwischen vielen verschiedenen Kernel ... von den vanilla-sources (also so wie Linus Torvald ihn rausgibt) über die gentoo-sourcen (gepachte Kernelquellen für extrem-exotische Architekturen) bis hin zu sehr experimentiellen Sachen.
Ich denke, du wirst Gentoo schon zum Laufen bringen. Ob es aber sämtliche Vorzüge deines Systems voll ausreizen kann, steht woanders. Aber die Update-zyklen in Gentoo sind ja per Definition individuell ( :D ) und daher kommst du relativ schnell in den Genuß neuen Codes, falls er für dein HW geschrieben wurde ...