Aktuell funktioniert es.
Du meinst, er speichert die Einstellungen? Ist das Thema dann "[gelöst]"?
Wenn das nochmal vorkommt: nimm mal die /etc/X11/xorg.conf* Teile vorübergehend weg. Die Intel Treiber und dein KDE(?) sind i.d.R. völlig autonom imstande auf Basis der angeschlossenen Monitore die perfekte Auflösung auszuwählen.
Auch: mach einen Test-User und guck ob der auch das Phänomen hat. Wenn nein: dann liegt es vermutlich an deinen KDE-Einstellungen; wenn ja: an /etc/X11/xorg.conf* und Treiber ...