Bei mir ging es im September letzten Jahres um die selbe Frage. AMD oder Nvidia. Ich besaß davor eine GTX 560 ti und ob ich nun eine AMD r9 390 oder eine GTX 970 genommen hätte, wäre finanziell kein Unterschied gewesen. Zudem war ich bis zu dem Zeitpunkt geplagt vom 2D-Beschleunigungsproblem bei Gnome, welches die Oberfläche ziemlich ruckeln ließ, weil meine Grafikkarte bei Belastung nicht in den nächst höheren State wechseln wollte(selbst die Terminalausgaben ruckelten trotz proprietären Treibers). Mit Gnome-3.18 war das Problem dann allerdings gelöst.
Ich habe mich daraufhin sehr viel belesen, was die zu dem Zeitpunkt aktuelle Treibersituation, sowohl bei Nvidia als auch bei AMD anging und letztendlich war die Antwort bei Reddit und in Foren immer die selbe:
Ist Dir ein freier Treiber wichtig, nimm eine AMD(amdgpu pro treiber, wie es bell schon gesagt hat). Wenn es Dir um Spiele und höchstmögliche Frames unter Linux geht, dann Nvidia + proprietärer Treiber. AMD hat schon viel versprochen in den letzten Jahren und die OpenGL Performance ist immer noch nicht berauschend, hatte ich in diversen reddit-threads gelesen.
Der freie nouveau-treiber unterstützt meine GTX-970 bis heute noch nicht vernünftig mit dem Kernel 4.5.1. 2D Beschleunigung funktioniert nicht und an Spiele ist gar nicht zu denken. Mit dem proprietären laufen sowohl die Oberfläche, als auch Spiele allerdings einwandfrei und ich bin absolut zufrieden. Sollte es eine Nvidia werden, warte doch noch die neue Generation ab, die nicht mehr allzu lange auf sich warten lassen sollte. Die 9er Serie hat ja jetzt schon einige Zeit auf dem Buckel.
Andreas, probiere wirklich mal die amdgpu treiber, solang Du über eine GCN-1.2-karte verfügst. Damit soll sich die Situation wirklich verbessert haben. Du kannst es ja auf ner 2. HDD oder Partition ausprobieren, damit Du Deine Workstation nicht für einige Stunden brach liegen hast.