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Das geht. Hab es umgekehrt schon Paar mal gemacht, also Funtoo installiert und dann Gentoo-Portage eingebunden und weiter als Gentoo gefahren.

Gentoo's /usr/portage löschen und dann das Funtoo-Portage dorthin auschecken und die /etc/portage/repos.conf/gentoo.conf anpassen (kann auch nach funtoo.conf umbenannt werden, der Name spielt keine Rolle).
Weitere vorhandene Config in /etc/portage prüfen (+ eselect profile list) und wie gewohnt aktualisieren.

Oder willst Du noch weiter gehen? Funtoo setzt meines Wissens mehr auf sys-apps/paludis als auf sys-apps/portage. - Ok, hab gerade nachgelesen davon sind sie wieder ab, sind zurück bei Portage - hab nichts gesagt....

Generell ist Funtoo und Gentoo keine Konkurenz, sondern Funtoo ist eher der Sandkasten für Gentoo. Im Funtoo werden Features standardmäßig aktiviert die nicht so schnell im Gentoo per Standard aktiviert werden können (zB. wegen einem komplexen Migrationspfad). Das war damals der Grund für mich mit Funtoo-Stages anzufangen. Bei Funtoo war Portage-2.2 und OpenRC schon im Stage wo im Gentoo noch Portage-2.0 und baselayout-1 der Standard waren. Somit sparte ich mir die OpenRC Migration und konnte von Anfang an die Portage-2.2. Features nutzen. Nach Installation das Portage auf "Gentoo" umgestellt, installierte Pakete die in Gentoo noch "testing" oder "unstable" sind unmaskiert, und weiter Gentoo gefahren.
Inzwischen sind Portage-2.2 und OpenRC im Gentoo stabil und im Stage drin so dass ich jetzt wieder ganz normal mit Gentoo starten würde.


EDIT: wenn ich drüber nachdenke, hätte ich damals mit Gentoo angefangen und würde auf Funtoo wechseln wollen, hätte ich die Portage-2.2 und die OpenRC Migration machen müssen. Das hätte ich aber auch ohne Funtoo machen können...