Von Hand installiere ich Software normalerweise nach /usr/local oder /opt, dadurch bleiben sie von den mit portage nach /usr installierten Sachen getrennt.
Das geht meistens mit einem "configure --prefix=/usr/local".
Aber prinzipiell kannst du sie auch nach /usr installieren, ohne alles durcheinanderzubringen, solange es sich nicht um z.b. andere Versionen von bereits mit Portage installierten Programmen oder Bibliotheken handelt, denn dann kann es eventuell (muss aber nicht) zu Konflikten kommen.
Bei KDE Anwendungen sieht die Sache wieder ein bisschen anders aus, hab die Erfahrung gemacht, dass sie nur so richtig funtkionieren, wenn sie in das KDE-Verzeichnis installiert werden (/usr/kde/<kdeversion>/ bei Gentoo), oder man die KDEDIRS Variable setzt, aber das geht jetzt mit neueren KDE-Versionen anscheinend auch nicht mehr. Muss mich aber diesbezueglich selbst noch mal schlau machen.
Also KDE Sachen am besten ins Default KDE-Verzeichnis installieren (geht automatisch bei einem ./configure, musst keinen Prefix angeben), und alles andere nach /usr/local.
Gruss, cytrox
