Hatte das gleiche Problem, da ich startx aufgerufen habe ohne in make.conf zu definieren das Gnome gestartet werden soll. Dann habe ich spasshabler aus der minimalistischen X-Umgebung Gnome gestartet. Als ich dann den Fehler korrigiert und das System wieder rebootete und startx eingab, so waren die Fenster immer links oben und so konnte ich diese nicht mehr verschieben.
Schlussendlich habe ich alle gnome Teile innerhalb des Benutzers gelöscht und Gnome wieder gestartet. Und dann ging es wieder...
OS: GentooLinux2005.0, Kernel 2.6.12r6, Gnome 2.10.2
AMD XP2600+, 1024MB-DDR, NVidia5200@128MB, Ethernet über Kabelmodem