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oder meintest Du es anders?

wird schwierig dafür ein werkzeug zu finden, obwohl ich mal was von einem erweiterten cp gelesen habe.

Du brauchst ein script, das den quellpfad in die einzelnen verzeichnisse zerlegt, was relativ einfach
zu bewerkstelligen ist, da die verzeichnisse voneinander mit einem "/" getrennt sind, das liesse sich zB mit perl oder awk machen.
Danach müsste in dein Zielverzeichnis gewechselt werden und dort nacheinander die
Verzeichnisse erstellt werden und wieder rein gewechselt werden.

Nachdem das passiert ist könnte die datei kopiert werden.

Ist also machbar, ich habe aber bis jetzt noch nichts geschrieben

edit:
Ist viel zu kompliziert gedacht.
Einfacher geht es mit:

Damit das funktioniert muss du dich natürlich in dem selbem Verzeichnis befinden, in dem auch deine Datei liegt.
Oder du weisst einer Variabel den Pfad zu deiner datei zu und ersetzt dann $PWD mit dem Variablennamen.

edit2:
/home/user/VERZEICHNIS/ ist das zielverzeichnis.

edit3:
oder besser:

Irgendwie hab ich deine Idee nicht ganz verstanden: Wenn du's nicht über's Internet synchronisieren willst, wie dann?

Aus deinem Posting kann ich nicht herauslesen, über welches Medium du synchronisieren willst. rsync kann auch zwischen Platten syncen, wenn du das meinst.

Was hindert dich dann daran, mittels zu synchronisieren?

Aber aufgepasst, man muss das allerletzte Slash beachten, da es unterschiedliche Resultate erzielt...
--delete-before und --delete-after musst du extra setzen, wenn gelöschte Dateien ebenfalls gelöscht werden sollen.