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Hm nein, automatisch nur die letzten beiden sources Versionen schützen wäre mir nicht bekannt.
Normalerweise nimmt man die Sloted verfügbaren (gentoo-sources) die man behalten möchte mit im world auf, und entscheidet dann selbst bei Zeiten welche man wirklich noch benötigt.
Zum aufräumen eignet sich dann zb "emerge -av --prune gentoo-sources" (damit werden alle, bis auf die aktuellste Version entfernt (ja, auch die, die mit im world stehen).

Ansonsten könntest du beim depclean die sources von vornherein mit --exclude ausschließen "emerge -a --depclean --exclude gentoo-sources" (sofern du nicht möchtest das nicht mit im world enthaltene mit entfernt werden)
Normalerweise sollte man mit diesen Möglichkeiten gut klarkommen :)