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Ich nutze grub und benötige keine der beiden Dateien.
Die config-Datei ist auf jeden Fall irrelevant, da sie lediglich die Einstellungen deines Kernels enthält.

Was die System.map angeht, ich glaube diese hat man bei früheren Lilo versionen benötigt, jedoch bin ich mir absolut nicht sicher ob ich nicht irgendeinen Mist verzapfe.

is definitiv NICHT nötig, zur info: befindet sich im ordner /usr/src/linux, wie auch die .config aber da ein . davor steht (versteckte dateien und ordner) kannst du sie nur mit
#ls -a
sehen

in der .config stehen die einstellungen mit denen der kernel compiliert wurde, wenn du ein bissal herumspielst mit verschiedenen kernels ist es empfehlenswert, sie mit dem kernel mitzukopieren, damit du auch später noch schaun kannst, was denn da für einstelungen getätigt wurden.
lass sie dir mal anzeigen, is recht interessant

und last but not least:
die gentoo-dev-sources heißt kernel 2.6.8 aufwärts!!!
aufpassen beim kompilieren: make && make modules_install

viel spaß

Die config-Datei ist dann nützlich, wenn man wissen will, mit welchen Einstellungen ein bestimmter Kernel gebaut wurde. Das kann hin und wieder ganz nützlich sein. Die Kernel-Konfiguration wird aber im 2.6.'er Kernel auch direkt mit im Kernel gespeichert und als proc-Entry wieder zur Verfügung gestellt. So kann man z.B. mit überprüfen, ob das swap-Device im aktuell laufenden Kernel eingeschaltet wurde. Für Spielereien mit verschiedenen Kernel ist aber die separate config-Datei sinnvoller, da man dann auch ohne den Kernel zu starten sehen kann, welche Einstellungen gemacht wurden.

Die system.map Datei wird immer dann notwendig, wenn man direkt im/am Kernel arbeitet, also z.B. Treiber erstellt. Mit der system.map ist es dann nach einem Kernel-oops möglich, die Stelle des Absturzes genauer zu identifiizeren. System.map kann auch mit als Eingabe beim remote-debugging dienen.

Ciao