Nicht probiert, aber LibreOffice kann HTML lesen und nach PDF exportieren. Die Links sollten dabei erhalten bleiben.
Geht auch im Batch mit dem "--convert-to pdf" Parameter.
Auch wenn Open-Source kostenlos ist, ist sie nicht umsonst. Dein Preis ist Dein Engagement und Mitarbeit an OS-Projekten.
Wenn Du keinen Preis bezahlen willst, bist Du die Ware. Und das ist nicht Open Source, geschweigedenn frei.