Ja, das Problem solltest du dann los sein.
Ich hatte auch ewig ärger mit Debian, hab irgendwas installiert und nicht aufgepasst --> modutils weg --> absturz --> partition kaputt --> neuinstallation --> nochmal das selbe passiert --> gentoo installiert
Soweit ich informiert bin sollte der AMD 64 abwärtskompaktibel sein.
http://www.gentoo.org/proj/en/base/amd64/technotes.xml?part=2&chap=0
Les das mal, ist leider Englisch, steht aber alles was man neben der Installationsanleitung noch zu AMD64 wissen sollte.